Uses of Class
com.hfg.bio.taxonomy.ncbi.NCBITaxon

Packages that use NCBITaxon

Package	Description
com.hfg.bio.seq
com.hfg.bio.seq.genomic.assembly
com.hfg.bio.seq.translation
com.hfg.bio.taxonomy.ncbi
com.hfg.graphics

Uses of NCBITaxon in com.hfg.bio.seq

Methods in com.hfg.bio.seq that return NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
NCBITaxon	BioSequencePlus.getNCBITaxon()
NCBITaxon	BioSequencePlusImpl.getNCBITaxon()
NCBITaxon	Gene.getSpecies()
NCBITaxon	GenomicLocation.getTaxon()

Methods in com.hfg.bio.seq with parameters of type NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
BioSequencePlusImpl	BioSequencePlus.setNCBITaxon(NCBITaxon inValue)
BioSequencePlusImpl	BioSequencePlusImpl.setNCBITaxon(NCBITaxon inValue)
NucleicAcid	NucleicAcid.setNCBITaxon(NCBITaxon inValue)
Protein	Protein.setNCBITaxon(NCBITaxon inValue)
Gene	Gene.setSpecies(NCBITaxon inValue)
GenomicLocation	GenomicLocation.setTaxon(NCBITaxon inValue)

Uses of NCBITaxon in com.hfg.bio.seq.genomic.assembly

Methods in com.hfg.bio.seq.genomic.assembly that return NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
NCBITaxon	NCBIGenomicAssemblyInfo.getOrganismTaxon()
NCBITaxon	NCBIGenomicAssemblyInfo.getSpeciesTaxon()

Methods in com.hfg.bio.seq.genomic.assembly that return types with arguments of type NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
static Map<NCBITaxon,List<NCBIGenomicAssemblyInfo>>	NCBIGenomicAssemblyInfo.extractInfoFromAssemblySummaryFile(File inFile) Use for processing an assembly_summary.txt file from the NCBI ftp site.

Methods in com.hfg.bio.seq.genomic.assembly with parameters of type NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
NCBIGenomicAssemblyInfo	NCBIGenomicAssemblyInfo.setOrganismTaxon(NCBITaxon inValue)
NCBIGenomicAssemblyInfo	NCBIGenomicAssemblyInfo.setSpeciesTaxon(NCBITaxon inValue)

Uses of NCBITaxon in com.hfg.bio.seq.translation

Constructors in com.hfg.bio.seq.translation with parameters of type NCBITaxon

Constructor and Description
CodonTable(NCBITaxon inSpecies)

Uses of NCBITaxon in com.hfg.bio.taxonomy.ncbi

Fields in com.hfg.bio.taxonomy.ncbi declared as NCBITaxon

Modifier and Type	Field and Description
static NCBITaxon	NCBITaxon.BOS_TAURUS Cow
static NCBITaxon	NCBITaxon.CAMELUS_BACTRIANUS Camel
static NCBITaxon	NCBITaxon.CAMELUS_DROMEDARIUS Dromedary
static NCBITaxon	NCBITaxon.CANIS_FAMILIARIS Dog
static NCBITaxon	NCBITaxon.CRICETULUS_GRISEUS Hamster
static NCBITaxon	NCBITaxon.DROSOPHILA_MELANOGASTER Drosophila (Fruit fly)
static NCBITaxon	NCBITaxon.EQUUS_CABALLUS Horse
static NCBITaxon	NCBITaxon.ESCHERICHIA_COLI E.
static NCBITaxon	NCBITaxon.HOMO_SAPIENS Human
static NCBITaxon	NCBITaxon.LAMA_GLAMA Llama
static NCBITaxon	NCBITaxon.MACACA_MULATTA Rhesus monkey
static NCBITaxon	NCBITaxon.MAMMALS Mammals
static NCBITaxon	NCBITaxon.MUS_MUSCULUS Mouse
static NCBITaxon	NCBITaxon.ORYCTOLAGUS_CUNICULUS Rabbit
static NCBITaxon	NCBITaxon.OVIS_ARIES Sheep
static NCBITaxon	NCBITaxon.PAN_TROGLODYTES Chimpanzee
static NCBITaxon	NCBITaxon.PRIMATES Primates
static NCBITaxon	NCBITaxon.RATTUS_NORVEGICUS Rat
static NCBITaxon	NCBITaxon.RODENTS Rodents
static NCBITaxon	NCBITaxon.SACCHAROMYCES_CEREVISIAE Yeast
static NCBITaxon	NCBITaxon.SUS_SCROFA Pig
static NCBITaxon	NCBITaxon.SYNTHETIC_CONSTRUCT Synthetic construct / artificial sequence
static NCBITaxon	NCBITaxon.UNKNOWN Unknown / unidentified
static NCBITaxon	NCBITaxon.VICUGNA_PACOS Alpaca
static NCBITaxon	NCBITaxon.XENOPUS_LAEVIS Xenopus (African clawed frog)

Methods in com.hfg.bio.taxonomy.ncbi that return NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
NCBITaxon	NCBITaxon.addSynonym(String inValue)
static NCBITaxon	NCBITaxon.getByTaxonId(int inValue) Returns the taxon for the specified NCBI taxon id.
NCBITaxon	NCBITaxonomyDataSource.getByTaxonId(int inValue) Retrieves the taxon for the specified NCBI taxon id.
NCBITaxon	NCBITaxonomyDataSourceImpl.getByTaxonId(int inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.getFirstCommonTaxon(NCBITaxon inTaxon2)
NCBITaxon	NCBITaxon.getParentTaxon()
NCBITaxon	NCBITaxon.setComments(String inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setCommonName(String inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setDivision(NCBIGenBankDivision inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setEMBL_Code(String inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setGenBankCommonName(String inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setGenBankHiddenFlag(boolean inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setGeneticCode(NCBIGeneticCode inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setHiddenSubtreeRootFlag(boolean inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setInheritedDivisionFlag(boolean inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setInheritedGeneticCodeFlag(boolean inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setInheritedMitochondrialGeneticCodeFlag(boolean inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setMitochondrialGeneticCode(NCBIGeneticCode inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setParentTaxonId(int inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setScientificName(String inValue)
NCBITaxon	NCBITaxon.setSynonyms(Collection<String> inValues)
NCBITaxon	NCBITaxon.setTaxonomyRank(NCBITaxonNodeRank inValue)

Methods in com.hfg.bio.taxonomy.ncbi that return types with arguments of type NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
static Set<NCBITaxon>	NCBITaxon.getByName(String inValue) Retrieves the NCBITaxon for the specified common name, scientific name, or GenBank common name.
Set<NCBITaxon>	NCBITaxonomyDataSource.getByName(String inValue) Retrieves the NCBITaxon for the specified common name, scientific name, or GenBank common name.
Set<NCBITaxon>	NCBITaxonomyDataSourceImpl.getByName(String inValue)
static Collection<NCBITaxon>	NCBITaxon.getCommonSet() Returns an unmodifiable Collection of the common taxons (those defined as class constants).

Methods in com.hfg.bio.taxonomy.ncbi with parameters of type NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
protected void	NCBITaxonomyDataSourceImpl.addToNameMap(String inName, NCBITaxon inTaxon)
int	NCBITaxon.compareTo(NCBITaxon inObj)
NCBITaxon	NCBITaxon.getFirstCommonTaxon(NCBITaxon inTaxon2)
boolean	NCBITaxon.isSubtaxonOf(NCBITaxon inTaxon2)

Uses of NCBITaxon in com.hfg.graphics

Methods in com.hfg.graphics that return NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
NCBITaxon	Gene2D.getSpecies()

Methods in com.hfg.graphics with parameters of type NCBITaxon

Modifier and Type	Method and Description
void	Gene2D.setSpecies(NCBITaxon inValue)